基因敲除小鼠第二步，从灰色小鼠胚泡中分离胚胎干细胞，在体外进行培养。
 

基因敲除小鼠第三步，用同源重组载体转染胚胎干细胞，用G418筛选发生了同源重组的细胞。

基因敲除小鼠第四步，将筛选得到的胚胎干细胞植入白色小鼠的早期胚胎（胚泡时期）中。

基因敲除小鼠第五步，将上述胚胎植入假孕母鼠（白色）子宫中。

基因敲除小鼠第六步，在母鼠所产的小鼠中，有一些是正常的白色，另一些则是嵌合体灰白相间的小鼠。这些嵌合体小鼠的细胞一部分起源于白色皮毛的胚泡细胞，另一部分则起源于重组的胚胎干细胞。起源于重组胚胎干细胞的皮毛显示出灰色斑块，很好辨认。

基因敲除小鼠第七步，嵌合体小鼠与野生型白色小鼠进行杂交，如果嵌合体小鼠的生殖细胞恰好是起源于重组胚胎干细胞，那么其子代小鼠就都应该呈现灰色。而这些灰色小鼠的所有细胞都是杂合体。
基因敲除小鼠第八步，杂合体灰色小鼠（+/H）之间进行杂交，得到灰色和白色的子代。从灰色子代中筛选出纯合小鼠（H/H），其一对同源染色体上的等位基因都失活，此纯合小鼠即为 “基因敲除小鼠构建”。
我们有开发的基因敲除小鼠构建APOE(动脉硬化研究),

基因敲除小鼠PEPT(白内障研究)

Shh+/- 基因敲除小鼠构建等小鼠: Shh（Sonic hedgehog）基因在脊椎动物胚胎组织形成中起着重要的作用，包括大脑、脊椎、中轴骨骼和四肢的形成。基因缺失的胚胎早期可以观察到中间结构如脊索和地板的形成和维持的影响，晚期可以观察到远肢结构的缺失以及独眼，腹部细胞包括神经管的缺失、脊柱和许多肋骨的缺失。基因敲除小鼠Shh蛋白被证实是脊椎动物发育过程中组织形成所必须的胞外信号。