免疫质谱一般指以免疫沉淀（IP）或免疫共沉淀（Co-IP）等抗体—抗原特异结合为前提，先在复杂样品中钓取目的蛋白或其复合物，再利用液相色谱—串联质谱（LC-MS/MS）对富集组分进行蛋白酶解、数据采集与数据库检索的一类蛋白互作/组成分析路径。它不替代免疫学富集的逻辑，而是用质谱提供更系统的定性蛋白列表（含诱饵与潜在相互作用蛋白）与肽段层面的证据。

关键要点

它是什么？

流程上可分三步理解：特异富集→样品处理相容质谱→数据解析。IP 常用于「拉下单一抗原相关蛋白」，Co-IP 更常见于「在复合物共存条件下与共沉淀蛋白一起做质谱」。质谱端的典型策略仍是 bottom-up：还原烷基化、酶切肽段脱盐、nanoLC分离，多级质谱获得碎片谱并搜库。诱饵蛋白是否在列表中重现、特异条带/IgG 对照差异、定量或谱计数对比常与生物学结论强度相关。

图 1. 抗体将靶标或复合物富集后再进入酶切与串联质谱分析。

主要优势

1、系统化发现相互作用候选

Western 仅能检测少数预设靶点；高通量 LC-MS/MS 可把共富集的蛋白以更完整列表给出，适于探索性互作图谱。

2、与多种免疫富集前端兼容

在优化洗脱试剂与去污剂强度的前提下，IP、Co-IP、标签抗体或工程化诱饵均可作为入口。

3、可与代谢标记等方法联合

例如在细胞水平采用稳定同位素标记，再配合 Co-IP/质谱，有助于区分特异富集与非特异黏附。

图 2. 富集样品经酶切、LC-MS/MS 采集与肽段层级解析形成蛋白列表。

主要局限

1、抗体与对照质量决定上限：非特异吸附、轻链干扰、宿主蛋白噪声均可能混入。

2、洗脱试剂与去污剂：过强的变性剂可能影响 LC 行为，需在富集回收与色谱兼容之间折中。

3、动态范围广：超低丰度互作可能被高丰度杂蛋白掩盖，需要重复、分级或其它富集强化。

4、结论边界：候选名单 ≠ 生理学互作终审，常需 orthogonal 验证。

5、交联与时间分辨：瞬时互作或非稳定界面有时需交联或小分子稳定策略辅助。

实验设计关注点

图 3. 阴性对照充分时，诱饵相关肽段的富集更有意义。

FAQ

1、免疫质谱与IP产物直接送质谱是一回事吗？

通常指同一类策略：核心是免疫学富集后由质谱端完成酶切与高分辨鉴定，细节上洗脱与前处理方法需与后端匹配。

2、一定要做SILAC才能做Immuno-MS吗？

不一定。SILAC 或类似定量策略有助于区分特异与非特异吸附，但并非所有问题的必须项。

3、为什么结果里经常有角蛋白或核糖体蛋白？

常为操作或空气尘埃引入的污染源，需从严控角蛋白试剂、洁净操作与阈值过滤多角度降低。

4、免疫质谱能替代遗传学相互作用验证吗？

不能。互补的遗传操作、定位与功能实验仍是互作推断的重要支点。

5、轻链会如何干扰？

IgG 重链轻链可被酶切为高丰度肽段，实验与软件层面常需预处理或阈值策略。

结论

免疫质谱把抗体介导的选择性与质谱鉴定的深度结合起来，是当前蛋白相互作用与复合物组分研究的重要手段之一。可靠列表来自严格对照、稳健的样品处理与统计学过滤；后续的 Western、回补、Proximity ligation、交联或结构方法则帮助把候选关系推进为可被领域接受的结论。按需选择单独的相互作用质谱、SILAC-CoIP 或其它互补方案，往往能更高效地回答具体生物学假设。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

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